そんなときは、カーネルのソースのディレクトリのルートで
sudo make-kpkg linux_headers
して、linux-headersのdebパッケージを作り、インストールすればよい(確認済)。
と思ったけど、よくみると
ls -la /lib/modules/linux-2.6.28.9/
...
build -> /usr/src/linux/linux-2.6.28.9 # このディレクトリがヘッダーのインストール先
...
となっているので、同じマシンでコンパイルした場合は、単純にソースディレクトリのルートにエイリアス張ればうまく動くかも(未確認)。